Магистратурата по „Клетъчна и молекулярна биотехнология“ има за цел да бъдат
подготвени висококвалифицирани специалисти, които да проектират, организират и провеждат дейности в разнообразни сфери на приложната биотехнология в медицината, екологията, енергетиката, в промишленото производство на микробна биомаса и различни микробни метаболити, в химическата, хранително-вкусовата и фармацевтичната промишленост. Тя е предназначена също така за усъвършенстване и обогатяване както на теоретичните знания на студентите в областта на биотехнологията и техническите науки, така и на практическите умения на магистрите – биотехнолози, посредством което се гарантира подготовката на висококвалифицирани кадри за работа в приложната биотехнология и научно изследователската сфера. Изучаването на съвременните генно-инженерни методи: ДНК-анализ, генни манипулации, хибридомни технологии, клетъчни култури, създаване на трансгенни организми ще са основа за прилагането тези знания и умения за разработване на биотехнологии за производства на рекомбинантни продукти, за диагностиката, за биомедицинската практика, селското стопанство, в производството на разнообразни фармакологични препарати и др.

Студентите, завършили магистърска програма „Клетъчна и молекулярна биотехнология“ придобиват знания и практически умения относно прилагане на класическите и най-новите технологии за контрол и управление на природните ресурси и екологичните технологии с акцент върху ролята на биологичния фактор. Завършилите успешно магистърската програма по „Клетъчна и молекулярна биотехнология“ надграждат научните си познания и умения със съвременни елементи от областта на природните науки, имащи отношение към проблемите на биотехнологичното производство и приложение на биопродукти. 

Магистърската програма по „Клетъчна и молекулярна биотехнология“ дава възможности на студентите да се ориентират както в научно-изследователската работа, така и към научно-производствената и приложна област в професионалните направления „Биотехнологии“ и „Хранителни технологии“. 

Дипломираните специалисти с ОКС „Магистър“ по специалността „Клетъчна и молекулярна биотехнология“ притежават знания и умения, които им дават възможност да:

Завършилите специалността „Клетъчна и молекулярна биотехнология“ с ОКС „Магистър“ имат предназначение да извършват научно изследователска, преподавателска и развойна дейност, да осъществяват организационно-управленческа, контролна, производствено технологична и преподавателска дейност. Магистрите ще могат да се реализират като ръководители на производствени предприятия и фирми, като научни работници, ръководители и организатори на проектантска и развойна дейност, ръководители на контролни и заводски лаборатории, имащи отношение към стандартизацията и узаконяването на произвежданата готова продукция, ръководители и организатори в отделни министерства и ведомства, преподаватели във висши и средни учебни заведения, ръководители на колективи за разработване на нови продукти и технологии. 

Дипломираните кадри могат да се реализиратпрофесионално у нас и в чужбина, както в производствени лаборатории, фирми – производители на биотехнологични препарати, в лаборатории по криминалистика, клинични лаборатории и контролни лаборатории, така и в научно-изследователски звена и факултети на университети с биотехнологична, биохимична, молекулярно-биологична и технологична насоченост.